【2026年版】福利厚生で人間ドックを導入するには？経費化の条件・税務リスク・ステップを徹底解説

人間ドックは福利厚生として提供できる

一定の要件を満たす人間ドックは、福利厚生として提供が可能です。

国税庁は、質疑応答事例集の中で、人間ドックについて次のように明記しています。

役員や特定の地位にある人だけを対象としてその費用を負担するような場合には課税の問題が生じますが、役員又は使用人の健康管理の必要から、雇用主に対し、一般的に実施されている人間ドック程度の健康診断の実施が義務付けられていることなどから、一定年齢以上の希望者は全て検診を受けることができ、かつ、検診を受けた者の全てを対象としてその費用を負担する場合には、給与等として課税する必要はありません。

出典：国税庁｜人間ドックの費用負担

ただし、人間ドックを福利厚生として従業員へ提供するには、質疑応答の中で述べられていることに加えいくつかの要件を満たす必要があります。※詳しくは後述

なお、「人間ドック」はしばしば「人間ドッグ」と表記されることもありますが、「Dog」ではなく「Dock：船の修理・点検用ドック」が語源のため、正確には誤りです。

関連記事：福利厚生費とは？該当条件や要件、具体例を税理士が丁寧に解説

法定健康診断と人間ドックの違い

人間ドックの福利厚生化を検討するにあたり、まずは「法律上の義務がある健診」と「任意の健診」の違いを整理しておく必要があります。両者は制度上の位置づけが大きく異なる制度です。

企業に実施義務があるのは「法定健診」・人間ドックは任意の健診

労働安全衛生法第66条に基づき、常時使用する労働者に対して年1回以上の定期健康診断を実施することは企業の義務であり、費用も原則として企業が負担しなければなりません。一方、人間ドックは法律上の実施義務がなく、企業が費用を負担するかどうかも任意です。

ただし、人間ドックの検査項目が法定健診の必須項目をすべて網羅している場合は、企業は人間ドックをもって定期健康診断の実施義務を果たしたものとして扱うことができます（労働安全衛生法第66条第5項）。この場合も法定健診と同様に、企業は健診結果を5年間保存する義務を負います。

人間ドックは法定健診より多くの個人健康情報を含むため、誰がどの範囲まで閲覧できるかなど、情報の取り扱いについて社内規則に明記しておくことが重要です。

参考：e-Gov 法令検索｜労働安全衛生法｜第66条
参考：厚生労働省｜労働安全衛生法に基づく健康診断を実施しましょう

検査項目数・費用・目的の違いを比較

法定健診と人間ドックの主な違いは以下の通りです。

人間ドックでは、法定健診の必須項目には含まれない胃カメラ・腹部エコー・腫瘍マーカーなどの検査が標準的に含まれるため、より詳細に健康状態を把握できます。

内容が充実しているぶん、一般的に費用が高額になりますが、後述する健康保険の補助制度を活用することで企業負担の軽減が可能です。

参考：日本人間ドック・予防医療学会｜検査表の見方

人間ドックを福利厚生費として経費計上するための4つの要件

人間ドックを福利厚生費として経費計上（非課税扱い）するためには、一定の要件を満たす必要があります。要件を満たさない場合は給与課税の対象となるほか、源泉徴収等の手続きも発生するため注意が必要です。以下、4つの要件について詳しく解説します。

条件①｜すべての従業員に平等な受診機会を提供すること

人間ドックを福利厚生として経費計上するにあたっては、役員だけ・正社員だけ・特定の部署だけを対象とするのはNGです。

経費計上には、正社員・パート・契約社員を含むすべての従業員に平等な受診機会を提供することが前提となりますが、「35歳以上」「勤続3年以上の希望者全員」といった合理的な基準での絞り込みは認められています※。

仮に受診を希望しない従業員が出た場合は、「受診意思なし」の書面を残しておきましょう。全員への機会提供という要件を満たしていることの証跡になり、税務調査の際に役立てることができます。

※派遣社員については、雇用契約を結んでいる「派遣元企業（派遣会社）」に健康診断の実施義務があるため、派遣先（受け入れ企業）が福利厚生の対象に含めなくても「平等な機会提供」の要件に反することはありません

関連記事：福利厚生としての健康診断とは？健康経営実現で「選ばれる企業」へ

条件②｜費用は企業から医療機関へ直接支払うこと

人間ドックの費用は、企業が医療機関と直接契約し、全額を支払うことが求められます。

従業員への現金支給や立替払い後の精算は「給与」とみなされ、課税対象となる可能性があるため避けましょう。

なお、国税庁のタックスアンサーでは「直接支払いを絶対条件とする」とまでは明記されていません。立替精算の可否については専門家の間でも見解が分かれているのが実情ですが、税務リスクを避ける観点から、本記事では「直接支払いが最も安全」という立場で解説しています。

立替払いが発生した場合には、企業名義の領収書を取得し、就業規則への明文化など証跡整備を徹底しましょう。判断に迷う場合は、所轄の税務署や顧問税理士への確認・相談がおすすめです。

条件③｜費用が社会通念上妥当な金額であること

法的な上限額は定められていませんが、「著しく高額でないこと」も、人間ドックを経費計上するための条件のひとつです。

国税庁の事例では「2日程度の一般的な人間ドック」の費用負担が例示されており、著しく高額でなければ認められるとされています。一般的な相場として日帰りドックで3〜6万円程度が目安ですが、国税庁が具体的な上限額を定めているわけではありません。

費用が相場を大幅に超える場合は「通常必要と認められる部分」を超えるとして否認されるリスクがあります。選定時には費用の妥当性を十分に検討し、判断に迷う場合は税務署や税理士に確認しましょう。

参考：国税庁｜人間ドックの費用負担

条件④｜健康管理上必要とされる一般的な検診メニューであること

福利厚生費として経費計上が認められるのは、健康管理上の必要性が説明できる一般的な検診メニューです。

身体測定・血圧・心電図・血液検査といった法定健診の必須項目はもちろん、胃部検査・腹部エコー・眼底検査なども健康管理上の合理性があるとして認められやすい項目です。

一方、美容目的や個人的な嗜好によるオプション（特定の遺伝子検査など）は福利厚生の目的から逸脱するとして課税対象となるリスクが高くなります。

オプション検査の許容範囲には明確な基準がなく個別判断が必要なため、「健康管理上の合理性が証明できるかどうか」を基準に検討し、疑わしい場合は税務署や税理士に事前確認をしましょう。

福利厚生費として認められないのはどんなケース？

人間ドックを福利厚生費として経費計上しようとしても、要件から外れた場合は課税対象となります。ここでは、万が一のリスクを回避するためのヒントとして、福利厚生費として認められない具体的なケースを解説します。

役員・特定の従業員だけを対象にしている場合

役員のみ・管理職のみ・特定部署のみを対象とした人間ドックの提供は、「福利厚生費」ではなく「給与（役員の場合は役員賞与）」として扱われます。

従業員への給与は経費として認められますが、役員賞与は原則として経費に計上できません。そのため、役員のみを対象にした場合は企業の税負担が増えることになります。

役員を含める場合は、一般従業員と同一の条件・内容で対象に含めることが原則です。給与課税の対象となれば役員個人に所得税がかかるため、制度設計の段階から公平な運用を徹底しましょう。

関連記事：【税理士監修】役員も福利厚生の対象？適用条件・NG例・経営パターン別判断

高額なオプション検査や豪華な宿泊プランを含む場合

PET検査（一般的に約10万円）などの著しく高額な検査や、シティホテル・温泉宿泊込みの豪華ドックは「通常必要と認められる範囲」を超えるとして否認されるリスクがあります。

オプション検査を企業負担とするのなら、「なぜこの検査が健康管理上必要か」という合理的な理由を文書化しておきましょう。脳ドックやがん検診のように疾病の早期発見を目的とするものは認められやすい傾向にありますが、明確な基準はなく個別判断が必要です。

費用が日帰りドックの相場（3〜6万円）を大幅に超えるオプションを含む場合には、事前に所轄の税務署や税理士に確認すると安心です。

個人事業主・一人社長が自身の費用を計上しようとした場合

福利厚生費はあくまで「従業員のために支出する費用」です。個人事業主本人・生計を一にする事業専従者（配偶者や家族）の人間ドック費用は経費計上できません。

例えば、役員のみで従業員がいない事業所では、人間ドックを経費計上することはできません。ただし、雇っている従業員がいれば、その従業員分のみ計上できます。

なお個人事業主の場合、自分自身は「従業員」ではないため、そもそも福利厚生費という概念が原則として適用されません。「健康管理のための支出だから経費になるはず」と考えがちですが、個人事業主自身の分は認められないため注意が必要です。

関連記事：【社労士監修】個人事業主が福利厚生費を活用できる条件とは？知っておきたいポイント

パート・アルバイトを対象外にするときの同一労働同一賃金リスク

「コスト削減のためパートは対象外にしたい」という場合でも、合理的な理由なく除外すると同一労働同一賃金（パートタイム・有期雇用労働法）に抵触するリスクがあります。

企業には待遇差の説明義務があり、説明できない場合は是正指導の対象になります。加えて、週の所定労働時間が正社員の4分の3以上のパートは法定健診の義務対象です。

福利厚生費として経費計上するには全従業員への公平な機会提供が前提となるため、パートを対象外とする場合はその合理的な理由を明確にしておく必要があります。

参考：厚生労働省｜同一労働同一賃金特集ページ
参考：厚生労働省｜不合理な待遇差解消のための点検・検討マニュアル（業界別マニュアル）

健康保険の補助制度で費用負担を大幅軽減

人間ドックの費用は高額になりやすいですが、加入している健康保険制度の補助をうまく活用することで、企業と従業員双方の負担を大幅に軽減できます。まず自社が加入している保険制度を確認することから始めましょう。

協会けんぽ加入の企業の場合

中小企業の多くが加入する全国健康保険協会（協会けんぽ）では、生活習慣病の早期発見を目的とした「生活習慣病予防健診」を提供しています。

一般健診の自己負担額は最高5,500円と、費用の大部分を協会けんぽが負担する仕組みです。さらに令和8年度（2026年度）からは新たに「人間ドック健診」が追加され、協会けんぽが最高25,000円を補助する制度が始まりました。

対象は35歳〜74歳の被保険者です。これらの補助制度を活用することで、企業の実質負担を大幅に圧縮できます。導入前に必ず最新の補助内容を協会けんぽ公式サイトで確認しましょう。

参考：協会けんぽ｜健診について（被保険者）｜被保険者｜健診｜健康づくり

健保組合加入の企業の場合

健保組合は各組合が独自の人間ドック補助制度を設けていることが多く、内容は組合によって大きく異なります。

例えば、加入者向けドックを格安で提供するケース（例：関東ITソフトウェア健保は10,000円）や、受診費用の一定額を補助するケース（例：上限25,000〜28,000円）など多様です。

補助を活用する場合は受診できる医療機関や支払い方法に一定のルールが設けられていることが多いため、加入している健保組合のウェブサイトで事前に詳細を確認しましょう。

手厚い補助が用意されているケースも少なくないため、制度を見落とさないよう注意が必要です。

再検査・精密検査の費用負担について

法的には、人間ドックや健康診断の結果に基づく二次検査（再検査・精密検査）の費用を企業が負担する義務はありません。

ただし厚生労働省は、「二次検査の受診勧奨を行うことが適当」と指針に明記しており、健康経営を推進する観点から費用の一部または全額を負担する企業も増えています。

早期発見・早期治療につながる二次検査を従業員が費用を理由に受診しないケースを防ぐためにも、企業として費用補助の方針をあらかじめ規程に定めておくことが重要です。

福利厚生費として計上できるかどうかは個別判断が必要なため、疑問が残るケースでは税理士や所轄の税務署への確認を忘れずに行いましょう。なお、特殊健康診断（有害業務従事者）に係る二次検査については、企業に費用負担義務があります。

参考：健康診断結果に基づき事業者が講ずべき措置に関する指針

人間ドックを福利厚生として導入するための4つのステップ

制度設計があいまいなまま運用を始めると、税務上のリスクや従業員間のトラブルに発展しがちです。ここでは、人間ドックをスムーズに福利厚生として導入・提供するにあたって知っておきたい基本の4ステップを紹介します。

Step1｜対象者・受診頻度・費用上限・受診日の扱いを決める

まずは、人間ドックの利用にともなうルールづくりから行います。具体的な必須項目としては、次のようなものが挙げられます。

• 何歳以上を対象とするか
• 年1回か複数年に1回か
• 費用上限はいくらか
• オプション検査は対象か否か

あわせて、受診日の労務管理についても事前に定めておくことが重要です。勤務時間扱いにするか、特別休暇を付与するか、有給消化とするかによって従業員の受け止め方も変わります。

厚生労働省は法定健診の受診時間を勤務時間として扱い、賃金を支払うことを推奨していますが、人間ドックは義務外のため企業の裁量に委ねられています。あいまいなままにすると後々トラブルになりやすいため、これらの事項は運用開始前に明確化した上で、従業員にも丁寧に周知しておきましょう。

参考：厚生労働省｜健康診断を受けている間の賃金はどうなるのでしょうか？

Step2｜就業規則または福利厚生規程に明文化する

口頭のみの運用は、税務調査の際に「すべての従業員への公平な提供」を立証できないリスクがあります。

万が一に備え、規程には次の項目を明記しておきましょう。

• 対象者の定義
• 費用負担の範囲と上限
• 受診可能な医療機関
• 受診日の労務扱い
• 結果の取り扱いポリシー
• 再検査の対応方針

改訂履歴も保存しておくことで、税務調査・労務調査の際の証跡として機能します。

また、制度の内容をすべての従業員に周知することも重要です。説明会の実施や資料配布などで丁寧に伝えることが制度の定着につながります。

さらに受診を拒否する従業員が出た場合の対応方針もあわせて明記しておくと、運用上のトラブルを防ぎやすくなるためおすすめです。

Step3｜医療機関を選定し、企業名義で直接契約を結ぶ

医療機関を選定する際のポイントは、次の5点です。

• 検査内容の充実度
• 費用の透明性
• 立地・予約のしやすさ
• 結果通知の速さ
• 個人情報管理体制

全国に拠点を持つ企業は、複数の医療機関と契約するか、福利厚生パッケージサービスやカフェテリアプランを活用することで事務負担を軽減できます。また、企業名義での直接契約・直接支払いにすることで、経費計上の要件も同時に満たすことができます。

契約の際は検査項目・費用・支払い方法・個人情報の取り扱いなどを明確に取り決めた上で内容を書面で残しておきましょう。健保組合の補助制度を活用する場合は、利用できる医療機関に制限がある場合もあるため、事前確認が必要です。

Step4｜健診結果の管理体制と産業医との連携を整備する

人間ドックを法定健診の代替として扱う場合、法定健診と同様に企業は結果を5年間保存する義務を負います（労働安全衛生規則第51条）。

また健康診断の結果は「要配慮個人情報」（個人情報保護法）に該当するため、閲覧できる担当者の範囲を限定するなど厳重な管理体制の整備が必要です。

クラウド型の健康管理システムを活用すれば、紙の結果をデータ化して産業医との連携や就業判定をスムーズに行えます。あわせて異常所見のあった従業員への二次検査受診勧奨の仕組みも合わせて整備しておくことで、人間ドックを「実施して終わり」にせず、健康経営の実効性をさらに高めることができます。

参考：e-Gov 法令検索｜労働安全衛生規則｜第51条

健康経営を強化するなら｜「早期発見」+「予防」

人間ドックは病気の早期発見に有効な手段です。しかし、生活習慣病は一度指摘されても、日々の生活習慣が変わらなければ再発・悪化するリスクがあります。本当の意味での健康経営には「早期発見」と「日常の予防」を両輪で整える視点が欠かせません。

人間ドックで多く指摘される生活習慣病と、その根本原因

人間ドックで所見として指摘されやすい異常は、高血圧・脂質異常症・高血糖・脂肪肝・肥満など生活習慣病に関するものが大半を占めます。

これらの主な原因は食生活の乱れ・運動不足・睡眠不足・飲酒・喫煙など日常の生活習慣にあります。つまり、人間ドックで異常が見つかっても、その後の生活習慣が変わらなければ翌年も同じ指摘を受けることになりかねません。

企業として従業員の健康を本気でサポートするのなら、年に一度の検診だけでなく、日常の健康習慣を支える仕組みを福利厚生として整備することが求められます。

検診で「気づく」だけでなく、日々の行動が変わる環境を整えることが、真の健康経営につながります。

予防を支える「食事補助」

生活習慣病の予防において、食事は最も影響の大きな要素のひとつです。一方で、多忙なビジネスパーソンが毎日バランスの良い食事を確保するのは容易なことではありません。

そこで効果的なのが、企業が食事補助を福利厚生として整備し、従業員が日常的に栄養バランスの良い食事を選びやすい環境を整える方法です。

なお、食事補助の福利厚生の非課税上限額は、2026年4月より月3,500円から7,500円に拡大されました（令和7年12月26日閣議決定）。これは1984年以来、実に42年ぶりの改正です。

企業・従業員双方の税メリットが大幅に増したこのタイミングは、食事補助の導入・拡充を検討する絶好の機会です。

参考：国税庁｜食事の現物支給に係る所得税の非課税限度額の引上げについて

関連記事：【税理士監修】食事補助の非課税上限が7500円へ！給与にしないための非課税の条件を解説
関連記事：健康経営につながる食事施策は？導入のメリット、成功事例などを解説

4000社以上が導入「チケットレストラン」

エデンレッドジャパンが提供する食事補助の福利厚生サービス「チケットレストラン」は、全国25万店舗以上の飲食店やコンビニを社員食堂のように利用できるサービスです。

内勤・外勤・リモートワークなど、すべての従業員が公平に利用できる点が特徴で、勤務時間中にとる食事であれば利用する時間や場所を問いません。

2026年4月にはAIがレシートを自動解析する「証憑スキャン機能」や、さらにお得に食事を楽しめる「食のクーポン機能」といううれしい機能も追加され、ますます注目度を高めているサービスです。

参考：株式会社エデンレッドジャパン｜チケットレストラン、AIによるレシート解析機能「証憑スキャン」を 4月1日（水）より提供開始 ～食事補助の適正運用を支援。公式アプリからレシート撮影で自動解析、管理工数を最小化～
参考：株式会社エデンレッドジャパン｜チケットレストランで「食のクーポン」を公式アプリでスタート

【Q&A】福利厚生としての人間ドックの導入にまつわるよくある質問

人間ドックの福利厚生化にあたり、寄せられることの多い質問についてQ&A形式でお答えします。

Q. 人間ドックの費用は、いくらまで福利厚生費として認められますか？

【A. 法的な上限額は定められていませんが、日帰りドックで3〜6万円程度が一般的な目安です。】

国税庁は、人間ドックを福利厚生として扱える具体的な上限額を示していません。ただし、国税庁の事例では「2日程度の一般的な人間ドック」の費用負担が例示されています。通常、基本検査のみの2日ドックの費用は6〜10万円程度のため、この金額が許容範囲の目安となりますが、個別のケースについては税理士や所轄の税務署に確認することを推奨します。

Q. 配偶者や家族の人間ドックも企業が費用を負担できますか？

【A. 原則として従業員本人分のみが福利厚生費の対象です。】

配偶者・家族（被扶養者）分を企業が負担した場合は給与として課税される可能性が高く、原則として福利厚生費には計上できません。ただし、加入している健保組合によっては、被扶養者向けの人間ドック補助（格安ドック・費用の一部補助）を設けているケースがあります。家族の健診費用を何らかの形でサポートしたい場合は、まず自社が加入している健保組合の補助制度を確認することが求められます。

Q. 人間ドックは法定の定期健康診断の代わりとして扱えますか？

【A. 法定健診の必須項目をすべて含む場合は、定期健康診断の代替として扱えます。】

人間ドックの検査項目が労働安全衛生法に基づく定期健康診断の必須項目をすべて含む場合は、定期健康診断の代替として扱うことができます（労働安全衛生法第66条第5項）。人間ドックは定期健診より多くの個人健康情報を含むため、情報の取り扱いについて社内規則に明記した上で、医療機関との間で結果の提供範囲についても事前に取り決めておくことが重要です。

Q. 従業員が立替払いをした場合、福利厚生費として処理できますか？

【A. リスクがあるため、企業から医療機関への直接支払いが推奨されます。】

国税庁のタックスアンサーでは、直接支払いを絶対条件とは明記していません。しかし、立替払い後の精算は「従業員個人への給与支給」とみなされるリスクがあります。やむを得ず立替払いが生じる場合は、企業名義の領収書の取得・就業規則への明文化・4条件を満たしていることの証跡整備が最低限必要です。

Q. 従業員が受診を拒否した場合はどうすればよいですか？

【A. 法定健診は受診を命じることができますが、人間ドックは義務がないため強制できません。】

法定健診は従業員にも受診義務があるため、正当な理由なく拒否する場合は就業規則に基づき受診を命じることができます。一方、人間ドックは法定健診と異なり義務がないため、受診しない従業員がいても罰則はありません。このとき「受診意思なし」の書面を残しておくことで、福利厚生費としての経費計上要件である全員への機会提供を満たしていることの証跡になります。

人間ドックと日常の健康支援の両輪で従業員の健康をサポート

人間ドックは「すべての従業員に平等な受診機会を提供すること」「費用は企業から医療機関へ直接支払うこと」「費用が社会通念上妥当な金額であること」「健康管理上必要とされる一般的な検診メニューであること」の4つの条件を満たすことで福利厚生費として経費計上できます。

人間ドックは一般的に法定健診よりも高額になりますが、協会けんぽや健保組合の補助制度を活用することにより、企業の費用負担を軽減できます。

企業の安定的な運営と成長は、健康で意欲あふれる従業員がいて初めて実現できるものです。人間ドックで病気を早期に発見するとともに、「チケットレストラン」のような食事補助の導入も検討し、より積極的に従業員の健康をサポートしてみてはいかがでしょうか。

関連記事：「チケットレストラン」の仕組みを分かりやすく解説！選ばれる理由も

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