【社労士監修】2025年版「事業承継・M&A補助金」申請ガイド｜詳細から申請方法まで徹底解説

はじめに｜「事業承継・M&A補助金」の概要を知ろう

「事業承継・M&A補助金」は、事業の承継や再編･統合をきっかけとした新たな取り組みや、経営資源の引き継ぎ等を支援する国の補助金制度です。

本補助金は、旧「事業承継・引継ぎ補助金」の後継制度で、2025年度の12回公募より、「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4枠へ再編されました。中小企業・小規模事業者（個人事業主を含む）を対象に、設備投資や外部専門家の活用、統合投資、必要な廃業費用などを支援する制度です。

「事業承継・M&A補助金」の申請は、原則として「jGrants（Jグランツ）」と呼ばれる国の補助金申請システムを通じた電子申請で行います。システムの利用には、事前に経済産業省が提供する共通認証ID「GビズIDプライム」の取得が必要です。

参考：事業承継・M＆A補助金

関連記事：【2025年最新版】中小企業が活用できる補助金・助成金の全体像

「事業承継・M&A補助金」4つの支援枠を解説

「事業承継・M&A補助金」を活用するには、「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4つの支援枠のうち、自社に最適な枠がどれなのかを検討しなければなりません。ここでは、それぞれの詳しい内容を解説します。

事業承継促進枠｜親族・従業員承継の生産性向上投資に

「事業承継促進枠」は、親族内、または従業員への事業承継を予定する中小企業等が、生産性向上に資する設備投資等へ取り組む際に活用できる制度です。

活用にあたっては、譲り渡す対象企業、または事業の「所有権」と「経営権」の双方が承継者へ移転していることが前提となります（物品・不動産のみの承継は対象外と解されます）。補助上限は原則800万円で、申請時点から賃上げの要件（事業場内最低賃金+50円以上の賃上げ計画）を満たす場合は上限を1,000万円に引き上げられます。

補助率は中小企業は1/2以内・小規模事業者は2/3以内で、同一公募回での専門家活用枠・PMI推進枠との同時申請は認められていません。認定経営革新等支援機関の関与が求められるため、確認書の取得を早めに進める必要があります。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜事業承継促進枠【公募要領】12次公募

専門家活用枠｜M&AのFA・仲介、DD、セカンドオピニオン、表明保証保険に

「専門家活用枠」は、M&Aの買い手・売り手が登録済みのM&A支援機関等の専門サービスを利用する費用への補助制度です。

買い手側の上限は600万円（DD費用を申請する場合は上限に+200万円を上乗せ可）、補助率は2/3以内です。売り手側は上限600万円、補助率は「直近の営業利益率低下」または「直近決算赤字」に該当すれば2/3以内、それ以外は1/2以内になります。

申請時の補助額が50万円未満の案件は対象外なので注意が必要です。また、FA/仲介の委託費は「M&A支援機関登録制度」に登録された事業者の提供サービスに限られます。

なお、100億企業特例は、別要領で上限2,000万円（1,000万円以下1/2、超過分1/3）として運用され、通常の買い手支援類型と同一公募回での併願はできません。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜専門家活用枠【買い手支援類型 100 億企業特例】【公募要領】12次公募

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜専門家活用枠【買い手支援類型 売り手支援類型】【公募要領】12次公募

PMI推進枠｜M&A後の「専門家の活用」や「投資」

「PMI推進枠」は、M&A成立後に行う経営統合（PMI）を後押しする制度です。「専門家活用類型」（上限150万円、補助率1/2）と「事業統合投資類型」（上限800〜1,000万円、補助率1/2または2/3）に分かれ、それぞれ別申請となります。

「専門家活用類型」は謝金・旅費・委託費が対象で、M&A仲介手数料やDD費用、PMI専門家への手数料などは対象外です。「事業統合投資類型」は設備費・外注費・委託費が対象で、小規模事業者は補助率2/3、その他は1/2です。

800万円までが通常上限、申請時に事業場内最低賃金＋50円の賃上げ計画を提出すれば1,000万円まで拡大します（800万円超部分は一律1/2）。廃業・再チャレンジ枠との併用も可能ですが、同一の経費での重複申請や実質的に同一内容での申請は認められないため注意が必要です。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜PMI 推進枠【事業統合投資類型】【公募要領】12次公募

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜PMI 推進枠【PMI 専門家活用類型】【公募要領】12次公募

廃業・再チャレンジ枠｜承継や統合に伴う廃業費

「廃業・再チャレンジ枠」は、承継やM&A後の統合に伴い、一部または全部の廃業が必要な場合に、廃業支援費（上限50万円）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リース解約費等が支援される制度です。

単独の「再チャレンジ申請」では、M&A着手から6カ月以上経過し成約に至らなかった事業者が対象で、補助率2/3、補助上限150万円、申請下限50万円です。申請にあたっては、認定経営革新等支援機関による再チャレンジ計画の確認が求められます。他枠と併用する場合は、併用先の補助率に従い、上限150万円となります。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜廃業・再チャレンジ枠【公募要領】12次公募

「事業承継・M&A補助金」申請準備のポイント

実際の申請は、どのような流れで行われるのでしょうか。ここでは、12次公募の手引きをもとに、申請準備のポイントを紹介します。

参照：公募申請の手引き（12次公募）事業承継・M&A補助金事務局

申請前の必須準備項目

「事業承継・M&A補助金」の申請には、「GビズIDプライム」アカウントの取得（1～3週間必要）が必要です。申請システム「jGrants」の利用にはこのアカウントが必須となるため、申請検討段階で最初に手続きを開始しましょう。

法人・個人ともに、書類郵送申請の場合は印鑑証明書・オンライン申請の場合はマイナンバーカードが必要です。各枠の「必要書類チェックリスト」を事務局ウェブサイトからダウンロードし、取得に日数を要する書類は早めに準備しましょう。

補助対象経費については、経済性確保の観点から原則として相見積を取得し、最低価格を提示した業者へ発注する必要があります。経費の種類により相見積の要否は異なるため、公募要領で事前確認します。相見積が必要であるのに取得していない場合、補助対象外となる可能性があるため注意が必要です。

参考：GビズID | Home

「jGrants」での電子申請手順

申請時には、jGrantsへログイン後、申請したい枠（事業承継促進枠、専門家活用枠など）に対応した申請フォームを選択します。

jGrants上には複数のフォームが用意されており、間違ったフォームから申請すると失格となるため、自社が申請する枠を再確認してから適切なフォームを選びましょう。また、担当者連絡先を正確に入力し、事務局からの連絡を確実に受け取れる体制を整えてください。

事業計画では「どのような補助事業を実施するのか」「補助事業をどのように進めていくのか」「どのような経費の発生が想定されるのか」について、具体的かつ達成見込みの高い計画を立案し、所定のフォームに入力します。見積書等の必要書類も漏れなく添付しましょう。

申請ボタンを押す前に、誤りがないかの最終確認をします。申請期限を過ぎた場合は、いかなる理由でも受け付けされないため、時間的余裕をもって準備しましょう。

参考：jGrants｜jGrants ネットで簡単！補助金申請

事業承継促進枠での賃上げ上限引上げ

事業承継促進枠では、賃金引上げにより補助上限を引上げ（800万円→1,000万円）することができますが、これには特定の書類提出が必要です。申請時に「賃金引上げ計画誓約書」「従業員への表明書」「賃金台帳」等の書類を必ず添付しましょう。あとからの提出はできません。

事業承継促進枠への申請では、認定経営革新等支援機関による確認書の提出が必須です。認定支援機関との調整を申請前に完了し、確認書を取得しましょう。

賃上げ関連の様式は更新される場合があるため、申請時は事務局ウェブサイトから最新版をダウンロードして使用してください。ファイル名や版数についても事務局の指定に従い、適切に設定します。最新の様式情報は、公式サイトのお知らせから確認できます。

参考：事業承継・M＆A補助金

4つの枠別｜申請のしかた

ここでは、4つの枠別に具体的な申請のしかたを解説します。

事業承継促進枠の申請手順

まず事業承継に向けた計画書と支援機関の確認書をそろえます。相見積を含む根拠資料を用意し、生産性向上要件を明記した計画として提出します。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜事業承継促進枠【公募要領】12次公募

専門家活用枠の申請手順

専門家費用を補助対象とするため、契約予定書類や見積、計画書などで支援内容と必要性を具体的に示す必要があります。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜専門家活用枠【買い手支援類型 100 億企業特例】【公募要領】12次公募

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜専門家活用枠【買い手支援類型 売り手支援類型】【公募要領】12次公募

PMI推進枠の申請手順

統合実施計画に将来の数値目標や人員再配置計画を明確に含め、投資や専門家費用の根拠資料を添えて提出します。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜PMI 推進枠【事業統合投資類型】【公募要領】12次公募

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜PMI 推進枠【PMI 専門家活用類型】【公募要領】12次公募

廃業・再チャレンジ枠の申請手順

廃業と新規事業を一体として計画する必要があります。双方にかかる費用や支援内容を明確に示し、必要書類を添えて提出します。

参照：中小企業生産性革命推進事業｜事業承継・M&A 補助金｜廃業・再チャレンジ枠【公募要領】12次公募

承継後の制度づくり｜定着を支える「福利厚生」

事業承継やM&A後の統合において、従業員の定着は経営統合成功の重要な要素です。賃上げが補助金の上限引上げ要件となっているように、従業員への処遇改善は制度的にも重視されています。

一方で、承継直後の不安定なタイミングでの賃上げは決して簡単なことではありません。ここでは、賃上げの代替策として福利厚生に注目し、その魅力や効果、具体的なサービスについて解説します。

承継後の人事戦略に福利厚生が有効なのはなぜ？

事業承継直後の従業員は、新しい経営体制への適応、業務プロセスの変更、企業文化の統合など、さまざまな変化に直面します。将来への不安が高まるとともに、離職リスクも高まりがちです。

このような状況で重要な役割を果たすのが、賃金以外の「働きやすさ」や「企業からの配慮」を実感できる制度です。

食事補助や健康支援などの福利厚生は、日常的に利用される身近な制度として従業員の満足度に直結します。制度統合のタイミングで新しい福利厚生を導入することにより「承継により待遇が向上した」という前向きな印象を与えられるため、変化に対する不安を和らげる施策としても有効です。

これらの制度は、採用活動においても企業の魅力として訴求できます。さらなる人材確保・定着の面の観点からも大きなメリットがある施策です。

関連記事：【社労士監修】福利厚生に使える助成金と補助金！種類や特徴とおすすめ施策を紹介

効果が出やすい施策を選ぶ

福利厚生制度の選定では、導入・運用の負荷を抑えながら効果を最大化することが重要です。具体的なポイントとしては、以下の4点です。

・導入まで早く手間がかからない
・運用管理が簡単で人的コストを抑えられる
・どの拠点でも統一運用ができる
・従業員へ制度の内容を分かりやすく周知できる

導入後の効果測定は、定量的な指標で行うことが大切です。離職率、中途採用応募率、従業員満足度調査などのKPIを設定し、承継後3カ月、6カ月、1年の節目で定期的にレビューを実施します。これにより制度の効果を客観的に評価し、必要に応じて改善を図ることができます。

3,000社以上が導入する食事補助の福利厚生「チケットレストラン」

数ある福利厚生の中でも、近年、特に人気を集めているサービスに、エデンレッドジャパンの「チケットレストラン」があります。

「チケットレストラン」は、企業と従業員との折半により、全国25万店舗を超える加盟店での食事を実質半額で利用できるサービスです。

加盟店のジャンルは、コンビニ・ファミレス・三大牛丼チェーン店・カフェなど幅広く、利用する人の年代や嗜好を問いません。また、勤務時間中にとる食事の購入であれば、利用する場所や時間に制限がないのも大きな魅力です。

さらに、一定の条件を満たすことによって所得税の非課税枠を活用できるため、従業員の実質的な手取りアップに貢献するほか、企業の法人税の削減にも寄与します。

従業員の定着や採用市場での競争力強化が期待できるとして、すでに3,000社を超える企業に選ばれている人気の福利厚生制度です。

「チケットレストラン」の詳細は「こちら」からお問い合わせください。

関連記事：「チケットレストラン」の仕組みを分かりやすく解説！選ばれる理由も

「事業承継・M&A補助金」の活用で企業成長を加速させよう

「事業承継・M&A補助金」は、事業の承継や統合を契機とした新たな挑戦を後押しする強力な支援制度です。4つの枠それぞれに明確な目的と要件があるため、自社の状況と計画に最適な枠を選択することが成功の鍵となります。

申請には事前準備が欠かせません。gBizIDプライムの取得、必要書類の整備、相見積の取得など、余裕を持ったスケジュール管理が重要です。特に認定経営革新等支援機関との連携や、賃上げ要件による上限引上げを検討している場合は、早期の準備開始をお勧めします。

また、補助金活用と併せて従業員の定着を図る施策も重要です。「チケットレストラン」のような福利厚生制度の導入により、承継後の組織安定化と企業価値向上を同時に実現できるでしょう。

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